Zu 2. Ja einen eingebetteten PDF Viewer wie in Windows wünsche ich mir auch. Wie Herb schon angemerkte, hat dies Auswirkungen auf die Performance und das Datenvolumen. 

Bei mir ist allerdings Evernote nicht gesperrt, wenn ich die PDF Datei öffne. Ich kann zwischen Evernote und dem Acrobat Reader hin und her wechseln.